Набор для мультиплексного секвенирования ДНК с баркодированием образцов методом ПЦР, PCR Barcoding Kit, Oxford Nanopore Technologies, SQK-PBK004

Предлагаем к покупке Набор для мультиплексного секвенирования ДНК с баркодированием образцов методом ПЦР, PCR Barcoding Kit, Oxford Nanopore Technologies, SQK-PBK004. На рынке медицинского оборудования компания ЛидерМед Групп уже более 10 лет! С нами сотрудничают как крупные государственные учреждения, так и частные международные клиники. Среди наших поставщиков ведущие производители медоборудования с многолетней историей, опытом и надежной репутацией. Вся продукция лицензирована и сертифицирована в соответствии с установленными требованиями.

Мультиплексное секвенирование с баркодированием удобно, если количество сиквенсных данных, получаемое с одного образца, существенно меньше производительности проточной ячейки. В таком случае имеет смысл объединять образцы в одну библиотеку и секвенировать их одновременно. Это также снижает стоимость секвенирования каждого образца.
НаборPCR Barcoding Kitудобен в тех случаях, когда:

• возможно объединение до 12 образцов в общую библиотеку с целью снижения стоимости запуска секвенатора;
• исходное количество ДНК невелико;
• предполагается оптимизировать эксперимент с целью макисмального выхода;
• требуется контроль длины рида;
• секвенируется кДНК или специфические ампликоны.

Особенности набора:

время пробоподготовки	от 60 минут (без учёта стадии ПЦР)
требуемое количество ДНК	менее 100 нг двухцепочечной ДНК
необходимость ПЦР	да
фрагментация ДНК	опциональная
длина рида	равна длине ампликонов
производительность	2 гигабазы и более за 6 часов, 8 гигабаз и более за 48 часов
совместимые протоколы	PCR Barcoding Nested PCR Sequencing cDNA PCR Barcoding *
количество библиотек	6 библиотек до 12 образцов в каждой

* Полные протоколы доступны на сайтеwww.nanoporetech.comдля зарегистрированных пользователей-участниковNanopore Community.
НаборPCR Barcoding Kitтакже может быть использован в сочетании с наборомPCR cDNA Sequencing Kit(SQK-PCS109) для мультиплексного секвенирования кДНК.

Пробоподготовка заключается в опциональной фрагментации геномной ДНК с последующей достройкой концов, лигировании адаптеров к достроенным концам и ПЦР с праймерами, содержащими бар-коды. В состав набора входит 12 пар бар-кодированных праймеров. В конечном итоге образцы после ПЦР объединяются, и к смеси добавляются сиквенсные адаптеры.

Длины фрагментов, получаемых в ходе ПЦР, зависят от длины исходной матрицы и от процессивности ДНК-полимеразы. Максимальная длина рида составляет в среднем около 2 тыс п.н.

Пользователь также может использовать метод ПЦР с 2 парами праймеров (nested PCR); при этом одна пара праймеров - пользовательские праймеры к определённой последовательности ДНК, а вторая - бар-кодированные праймеры из набора. 5’-концы пользовательских праймеров должны быть комплементарны 3’-концам бар-кодированных праймеров.

Последовательности бар-кодов автоматически распознаются программой для интерпретации данных секвенирования, и риды группируются в соответствии с бар-кодами.

Ещё одно преимущество набора — если исходная ДНК загрязнена, то в ходе ПЦР существенно снижается концентрация примесей, которые могут ингибировать процесс получения библиотеки.

Если количество исходной ДНК менее 1 нг — рекомендуется предварительная полногеномная амплификация.

Дополнительные расходные материалы и реактивы:

• магнитные частицыAgencourt AMPure XP(Beckman Coulter);
• набор для достройки концов ДНКNEBNext End repair/dA-tailing Module(New England Biolabs E7546);
• набор для лигирования ДНКNEB Blunt/TA Ligase Master Mix(New England Biolabs M0367);
• мастер-микс для ПЦР длинных фрагментов, например,LongAmp Taq 2X Master Mix(New England Biolabs M0287);
• 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностьюDNA LoBind(Eppendorf30108051);
• 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР (AxygenPCR-02-C);
• вода, не содержащая нуклеаз (Thermo Fisher ScientificR0581);
• свежеприготовленный 70% этанол;
• буфер 10 мМ Трис-HCl с 50 мМ NaCl.

Опционально:

• пробирки для фрагментации ДНКCovaris g-TUBE.

Дополнительное оборудование:

• настольная микроцентрифуга (например,Eppendorf#5452000018);
• вортекс (например,BiosanBS-010203-AAG);
• магнитный штатив (Диаэм3336);
• ротационный перемешиватель (например,ElmiRM1L);
• амплификатор (например,Thermo FSA37834);
• набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0,5 до 10 мкл (например,Eppendorf3120000020), от 2 до 20 мкл (например,Eppendorf3120000038), от 10 до 100 мкл (например,Eppendorf3120000046), от 20 до 200 мкл (например,Eppendorf3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например,Eppendorf3120000062);
• наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам;
• термоконтейнер со льдом;
• таймер (например, TR118OS).

Опционально:

• флуориметрQubit 4.0(ThermoQ33227);
• система для фрагментного анализа (например,Qsep 100);
• наноспектрофотометр (например, NanoDrop 2000C).

Вы можете купить Набор для мультиплексного секвенирования ДНК с баркодированием образцов методом ПЦР, PCR Barcoding Kit, Oxford Nanopore Technologies, SQK-PBK004 уже сегодня, связавшись с персональным менеджером по указанному номеру телефона или через почту. Вас обязательно проконсультируют по любым выбранным товарным позициям и помогут подобрать оптимальный вариант. Также рады сообщить, что доставка осуществляется по территории всей России и ближнего зарубежья. При необходимости опционально доступна поставка и установка дополнительного оборудования. После покупки предоставляется сервисное и гарантийное обслуживания.

Array